Cuatro miembros del equipo Lamplight de espías de la República Din se embarcan en una misión para capturar a un espía enemigo. Aunque luchan por trabajar juntos debido a sus personalidades conflictivas, Thea, Monika, Erna y Annett completan su objetivo. Mientras disfrutan de un breve descanso, las cuatro chicas se encuentran con una mujer llamada Matilda, quien asegura ser la madre de Annett. A medida que conocen a Matilda, el equipo se ve arrastrado a un conflicto en escalada que pone a prueba su trabajo en equipo y lealtades.
Mientras tanto, los miembros restantes de Lamplight se dan cuenta de que el equipo enviado aún no ha informado de su regreso. Preocupados por sus aliados, Klaus y Lily inician una expedición de emergencia para localizar a sus compañeros desaparecidos. A medida que los dos descubren información inquietante sobre tensiones crecientes en el área donde se encontraban sus amigos por última vez, deben actuar rápidamente para reunir al equipo antes de que la misión alcance el punto de no retorno.
La segunda temporada de Spy Kyoushitsu fue lanzada en Blu-ray y DVD en dos volúmenes desde el 25 de octubre de 2023 hasta el 22 de diciembre de 2023.
