Hace dos años, el mundo cambió para siempre. El joven Cloud Strife y su banda de amigos pueden haber derrotado a Sephiroth y frustrado su plan de estrellar un meteorito gigante contra la Tierra, pero esta victoria tuvo un gran costo. La ciudad densamente poblada de Midgar casi fue destrozada en el conflicto. Afortunadamente, muchos de los ciudadanos de la ciudad pudieron evacuar a un lugar seguro y, en los años posteriores, formaron un nuevo hogar llamado Edge.
Final Fantasy VII: Advent Children gira en torno a Cloud y Tifa mientras intentan hacer una nueva vida para ellos, así como para quienes los rodean, en esta nueva ciudad. Juntos dirigen un servicio de mensajería y atienden a Marlene, la hija adoptiva de su amigo en común Barret, y a un joven huérfano llamado Denzel. Denzel, Cloud y decenas de niños sufren de una nueva y misteriosa enfermedad llamada “Geostigma”.
Los niños de la ciudad tienen otra amenaza que se cierne sobre sus cabezas: un trío de hombres poderosos está secuestrando a niños infectados por razones desconocidas. Cloud está decidido a salvar a estos jóvenes, no solo de Geostigma, sino también de los secuestradores. Sin embargo, no tiene idea de que estos hombres comparten un vínculo con su antiguo enemigo, Sephiroth, y la búsqueda de Cloud para vencerlos lo llevará de nuevo al conflicto con los demonios de su pasado. Si hay alguna esperanza de conquistar estas amenazas, se encuentra dentro de los lazos de amistad entre Cloud y sus aliados que salvaron el mundo una vez y ahora deben hacerlo de nuevo.
