Shironeko Project: Zero Chronicle es un anime de fantasía que tiene lugar en un mundo dividido en dos reinos: el Reino de la Noche y el Reino del Día. Cada uno de estos reinos está gobernado por un rey y ambos son enemigos mortales.
La historia comienza cuando un joven príncipe llamado Iris vive en el Reino de la Noche. A pesar de su herencia real, Iris ha sido confinado a vivir en un pequeño pueblo debido a su falta de poderes mágicos. Un día, su pacífica vida da un giro cuando conoce a una misteriosa chica llamada Alicé, quien llega al pueblo en busca de ayuda.
Alicé viene del Reino del Día y busca venganza por la destrucción de su hogar y la muerte de su familia. Juntos, Iris y Alicé emprenden un viaje para encontrar a los responsables y restaurar la paz en los dos reinos.
A lo largo de su viaje, Iris y Alicé se encuentran con varios aliados y enemigos. Se encuentran con un guerrero llamado Ragnar, que se convierte en su mentor y les enseña a usar correctamente sus habilidades mágicas. También conocen a una joven llamada Jirou, que tiene la habilidad de comunicarse con los animales y es vital en su misión.
Sin embargo, también se enfrentan a enemigos poderosos que buscan mantener la guerra entre los reinos. Entre ellos se encuentra el misterioso Rey Oscuro, quien ha estado utilizando su magia oscura para sembrar la destrucción y el caos en ambos reinos. Iris y Alicé deben luchar contra el Rey Oscuro y sus secuaces para poder cumplir su misión.
A medida que la historia avanza, se revelan secretos ocultos y se desvela la verdadera razón detrás de la guerra entre los reinos. Los personajes principales descubren que hay fuerzas más grandes en juego y que su mundo está en peligro de ser destruido por una fuerza malévola y antigua.
Con cada batalla y adversidad que enfrentan, Iris y Alicé crecen tanto como individuos como en su relación. Aprenden a confiar el uno en el otro y a superar sus propios miedos y desafíos.
En última instancia, Shironeko Project: Zero Chronicle es una historia sobre el poder de la amistad, la valentía y la determinación para proteger lo que amas. Se trata de superar las adversidades y trabajar juntos para crear un mundo de paz y armonía, reconciliando los dos reinos y deteniendo la amenaza que pone en peligro a todos.