La historia de Saikin, Imouto no Yousu ga Chotto Okashiinda ga (también conocido como Recently, my sister is unusual) sigue la vida de Mitsuki Kanzaki, una estudiante de secundaria que vive con su padre debido a la muerte de su madre. Aunque parecía llevar una vida normal, un día su vida da un vuelco cuando una chica llamada Hiyori aparece de repente en su habitación.
Hiyori revela ser un espíritu y es capaz de poseer el cuerpo de Mitsuki. Sin embargo, Hayori no es consciente de su propia muerte y cree que sigue viva. A partir de ese momento, Mitsuki se encuentra involucrada en situaciones embarazosas y extrañas, ya que Hiyori se muestra bastante pervertida y afectuosa, generando situaciones comprometidas para ambos.
A medida que pasa el tiempo, Mitsuki descubre que Hiyori murió sin experimentar el amor y ahora necesita consumir la energía sexual de Mitsuki para poder avanzar en el más allá. Aunque Mitsuki al principio se resiste a esta idea, poco a poco comienza a desarrollar sentimentos encontrados por Hiyori y comienzan a tener una relación especial.
Sin embargo, el drama aumenta cuando descubren que existen otros espíritus que también necesitan la energía de Mitsuki para avanzar en el más allá, lo que crea ciertos conflictos y rivalidades entre los personajes involucrados.
A lo largo de la historia, Mitsuki deberá lidiar con sus sentimientos encontrados hacia Hiyori y luchar contra la atracción que siente hacia ella mientras trata de mantener una vida normal en la escuela y ocultar el secreto de su extraña situación.
Saikin, Imouto no Yousu ga Chotto Okashiinda ga es una comedia romántica llena de momentos embarazosos, escenas pervertidas y toques de drama que exploran las complejidades de la relación entre Mitsuki y Hiyori. A través de su historia, se abordan temas como el amor, el crecimiento personal y la aceptación de la muerte, todo ello envuelto en un ambiente hilarante y a veces incómodo.