La segunda temporada de Ansatsu Kyoushitsu sigue la historia del joven Koro-sensei, un ser misterioso y poderoso que ha destruido parte de la Luna y ahora amenaza con destruir la Tierra en un año. Sin embargo, en lugar de simplemente acabar con la humanidad, Koro-sensei decide convertirse en maestro de la clase 3-E de la secundaria Kunugigaoka, una clase de marginados y poco talentosos.
Durante esta temporada, los estudiantes de la clase 3-E continúan con su entrenamiento para convertirse en asesinos expertos y tratar de matar a Koro-sensei antes de que él destruya la Tierra. A medida que los alumnos desarrollan nuevas habilidades y estrategias para acabar con su maestro, también se enfrentan a desafíos personales y problemas emocionales.
Además, en esta temporada se introducen nuevos personajes y enemigos que ponen en peligro la misión de los estudiantes y plantean nuevos desafíos para Koro-sensei. A medida que avanza la trama, se revelan secretos sobre el pasado de Koro-sensei y su conexión con algunos de los estudiantes y maestros de la escuela.
La segunda temporada de Ansatsu Kyoushitsu es una mezcla de comedia, acción y drama, que explora temas como la amistad, el sacrificio y la redención. A través de los desafíos que enfrentan los estudiantes y su relación con Koro-sensei, la serie cuestiona la naturaleza del bien y del mal, y plantea preguntas sobre el verdadero propósito de la educación y el significado de la vida.
