En Digimon Ghost Game, la historia sigue a Hiro Amanokawa, un estudiante de secundaria introvertido y amante de los juegos de terror. Un día, mientras recorre una tienda de antigüedades, Hiro se encuentra con un extraño dispositivo llamado “Digivice Ghost”, el cual esconde un gran secreto.
Tras activar el dispositivo, Hiro se ve envuelto en un mundo paralelo habitado por criaturas digitales llamadas Digimon. Estos Digimon son diferentes a los que Hiro había conocido antes, ya que son espíritus de Digimon fallecidos en el mundo real. Resulta que una brecha entre el mundo de los vivos y el de los muertos se ha abierto, dando lugar a la aparición de estos Digimon fantasmas.
En su búsqueda de respuestas, Hiro se une a una chica misteriosa llamada Rio Kido, quien parece tener conocimientos sobre el Digivice Ghost y el fenómeno de los Digimon fantasmas. Juntos, Hiro y Rio se embarcan en una misión para ayudar a los Digimon fantasmas a encontrar la paz y cerrar la brecha entre los dos mundos.
A medida que Hiro y Rio se adentran más en el mundo de los Digimon fantasmas, descubren que hay seres malignos que buscan aprovecharse de este fenómeno. Una organización secreta conocida como “Las Sombras” se dedica a capturar y usar a los Digimon fantasmas para sus propios fines oscuros. Hiro y Rio se enfrentarán a numerosos desafíos y enemigos en su lucha contra esta organización, mientras intentan salvar a los Digimon fantasmas y encontrar una manera de cerrar la brecha entre los mundos.
A lo largo de su aventura, Hiro descubre que tiene una conexión especial con los Digimon fantasmas y que posee habilidades únicas para comunicarse y ayudarlos. También conoce a otros niños elegidos que también poseen Digivices Ghost y se unen a ellos para derrotar enemigos poderosos y proteger el mundo de los Digimon.
Con cada batalla ganada y cada Digimon fantasma salvado, Hiro y sus amigos se acercan cada vez más a descubrir la verdad detrás de la brecha entre los mundos y a desentrañar los misterios ocultos detrás del Digivice Ghost. ¿Podrán cerrar la brecha y devolver a los Digimon fantasmas a la paz eterna? ¿Cuál será el destino de Hiro en este mundo donde los vivos y los muertos se entrelazan? Todo esto y más se revelará en Digimon Ghost Game.