Wagnaria!! es una comedia romántica que sigue lasidas de un grupo de empleados en un restaurante de estilo occidental llamado Wagnaria. La historia se cent en la vida diaria de los empleados y sus interacciones, mientras lidian con las excentricidades y peculiaridades de cada uno.
El protagonista es Sota Takanashi, un chico de 16 años que consigue un trabajo a tiempo parcial en Wagnaria para poder financiar su estilo de vida extravagante. La gerente del restaurante, Kyoko Shirafuji, es una mujer de aspecto serio pero con un distorsionado sentido de la moralidad. Ella tiene un extraño fetiche por cosas lindas y pequeñas, y trata a sus empleados como su propia familia disfuncional.
Entre los demás empleados, está Mahiru Inami, una tímida y linda chica que sufre de androfobia, lo que provoca que golpee a los hombres inconscientemente cada vez que se siente amenazada. Sin embargo, cuando Sota comienza a trabajar en el restaurante, ella se enamora de él y lucha por superar su androfobia para poder estar cerca de él.
Otros personajes incluyen a Popura Taneshima, una chica baja de estatura que es constantemente confundida con una niña y trata de hacer crecer su estatura para que la tomen en serio; Yachiyo Todoroki, una chica tranquila que siempre lleva una katana en su cintura y está secretamente enamorada de Kyoko; Hiroomi Souma, un cocinero pervertido pero amable que disfruta escandalizar a los demás con sus insinuaciones sexuales; Jun Satou, un camarero apuesto y amable que está enamorado de Yachiyo; y Aoi Yamada, una otaku desempleada que se refugia en el restaurante para evitar a su hermano mayor.
A medida que la historia se desarrolla, los personajes atraviesan diversas situaciones cómicas y románticas. Sota intenta ayudar a Mahiru a superar su androfobia, mientras es acosado constantemente por ella. Yachiyo continúa su amor no correspondido por Kyoko, pero duda en admitir sus sentimientos. Hiroomi y Jun intentan llamar la atención de Yachiyo, mientras Aoi lucha por encontrar un empleo estable.
A lo largo de la trama, el restaurante Wagnaria se convierte en un lugar de encuentro para estos personajes, donde aprenden a superar sus propios problemas personales y se apoyan mutuamente para crecer y desarrollarse. Con humor contagioso, momentos tiernos y situaciones románticas, Wagnaria!! ofrece una experiencia agradable y entretenida para los amantes de las comedias románticas.
