Ciudad Academia, llena de estudiantes, está a la vanguardia del avance científico y alberga el programa de desarrollo de esper. Los siete Espers de “Nivel 5” son los más poderosos de Ciudad Academia, y el tercero entre ellos es el estudiante de secundaria Mikoto Misaka, un manipulador de electricidad conocido como “El Cañón de Riel”.
Cuando empiezan a ocurrir extraños incidentes por toda la ciudad, descubre que cada delito está relacionado con el escurridizo “Level Upper”, un dispositivo legendario que supuestamente aumenta el nivel psíquico de su usuario. A medida que la situación se intensifica, se hace evidente que hay más en el Nivel Superior de lo que parece, y que Ciudad Academia puede ser un lugar mucho más retorcido que la glamorosa utopía que parece ser.
Toaru Kagaku no Railgun se enfoca en Mikoto y sus amigos, y las situaciones peligrosas en las que se encuentran, mientras se ven atrapados en el asunto del Nivel Superior. Como dice Mikoto, “Nunca hay un momento aburrido en esta ciudad”.