Volviéndose contra sus antiguos aliados y enemigos por igual, Eren Yeager pone en marcha un plan desastroso. Bajo la guía del Titán Bestia, Zeke, Eren toma medidas extremas para poner fin al antiguo conflicto entre Marley y Eldia, pero sus verdaderas intenciones siguen siendo un misterio. Adentrándose en el pasado de su familia, Eren lucha por controlar su propio destino.
Mientras tanto, las naciones enemistadas de Marley y Eldia utilizan tanto soldados como Titanes en una brutal carrera por eliminar al otro. Reiner Braun utiliza sus propios poderes en un intento desesperado por detener la fuerza militarista de Eren, y sus compañeros Eldianos, los niños Falco Grice y Gabi Braun, luchan por sobrevivir en el caos que se desata.
Por otro lado, los amigos de la infancia de Eren, Mikasa Ackerman y Armin Arlert, permanecen prisioneros junto a los antiguos compañeros del Cuerpo de Exploración de Eren, todos perturbados por la monstruosa transformación de Eren. Bajo la creencia ciega de que Eren todavía alberga buenas intenciones en secreto, Mikasa y los demás entran en la refriega en un intento por salvar el alma de su amigo.
Shingeki no Kyojin: The Final Season Parte 2 adapta contenido de los volúmenes 29-32 del manga original.