Sakugan es un anime de ciencia ficción que se desarrolla en un futuro distante en el que la humanidad ha colonizado otros planetas. La historia se centra en una niña llamada Memempu y su padre Gagumber, quienes viven en una ciudad subterránea llamada “Labrynth”, la cual es habitada por humanos que se ven obligados a vivir en ese lugar debido a la falta de recursos en la superficie.
En Labrynth, la principal fuente de ingresos y recursos para sobrevivir proviene de los “Laberintos”, enormes estructuras subterráneas que contienen minerales y otros tesoros. Estos laberintos son peligrosos y solo aquellos llamados “Cazadores de laberintos” tienen el coraje y la habilidad necesarios para adentrarse en ellos y enfrentar peligrosas criaturas.
Memempu anhela explorar los laberintos y descubrir los secretos de la superficie, pero debido a su corta edad y falta de experiencia, su padre se niega a llevarla consigo en las misiones de caza de laberintos. Sin embargo, un día Memempu se encuentra con un misterioso autómata con la forma de un perro llamado “Giftee”. Giftee está programado para guiar a los exploradores y protegerlos en su búsqueda de los laberintos, pero su antiguo dueño falleció en una misión y ahora está en busca de un nuevo compañero.
Memempu convence a su padre de permitirle unirse a él como cazadora de laberintos, y juntos emprenden un viaje hacia lo desconocido. A medida que se adentran en los laberintos, Memempu y Gagumber se encuentran con desafíos y peligros, pero también descubren una serie de misterios que apuntan a un antiguo conflicto entre los humanos y las criaturas del exterior.
A medida que la historia avanza, Memempu y Gagumber descubren que los laberintos y las criaturas que los habitan tienen una conexión más profunda con los orígenes de la humanidad de lo que jamás hubieran imaginado. Con cada nuevo descubrimiento, su determinación de encontrar la verdad y llegar a la superficie se fortalece, y juntos se embarcan en un emocionante viaje lleno de aventuras, amistad y autodescubrimiento.