Saber Marionette J es un anime de ciencia ficción y comedia que se desarrolla en un futuro distante, en el que la humanidad ha colonizado otros planetas y ha creado una sociedad en la que los hombres han sido casi extinguidos debido a la guerra. En este mundo, los hombres han sido reemplazados por androides llamados “Marionetas”.
La historia sigue a Otaru Mamiya, un joven que vive en Japoness, una ciudad en uno de los planetas colonizados. Un día, Otaru llega a la antigua ciudad abandonada de Terra II y, para su sorpresa, encuentra un laboratorio en el que se encuentran tres Marionetas especiales llamadas Lime, Cherry y Bloodberry. Estas Marionetas son diferentes a las demás, ya que tienen personalidades propias y pueden pensar y actuar por sí mismas.
Otaru se hace amigo de las Marionetas y las lleva a su casa, donde comienzan a vivir juntos. A medida que pasa el tiempo, Otaru se da cuenta de que Lime, Cherry y Bloodberry no son simplemente Marionetas, sino que también tienen sentimientos y deseos propios. A pesar de ser Marionetas, comienzan a enamorarse de Otaru.
La historia se complica cuando aparece una organización malvada llamada Gartlant, liderada por el misterioso Doctor Hess. Gartlant tiene como objetivo eliminar a todas las Marionetas y restaurar el dominio masculino sobre la sociedad. Para luchar contra esta amenaza, Lime, Cherry y Bloodberry se convierten en las Saber Marionettes, unas guerreras expertas en combate.
A medida que avanza la trama, Otaru y las Saber Marionettes se enfrentan a numerosos enemigos y desafíos, mientras descubren secretos sobre su pasado y el verdadero propósito de su existencia. A lo largo de su viaje, también conocen a otros personajes interesantes, como el extravagante dueño de una tienda de Marionetas, Hanagata, y la enigmática y poderosa Lorelei.
