En 2008, el gobierno japonés comenzó a cazar personas que se identificaran como otaku en un esfuerzo por proteger la cultura del país. En solo una semana, la agencia de aplicación conocida como SSC capturó a la fuerza a casi todos los otakus y confiscó sus recuerdos. Un hombre apasionado que se hace llamar Otaku Hero se niega a permitir que esta agencia haga lo que le plazca: levanta un ejército de resistencia compuesto por otros geeks desplazados que se unen para ayudar a defender su cultura.
Tres años más tarde, el fuego de la rebelión se desvanece y toda esperanza parece perdida para los otakus. Estimulado por su aliada, la chica mágica Anarchy, Otaku Hero comanda la resistencia en un esfuerzo por reunir a Anarchy con las otras dos chicas mágicas: Blue y Pink. Al combinar el poder de este trío, la resistencia puede derrotar al SSC y salvar la cultura otaku para todos.
