Bajo la creencia de que el dios omnipotente Mitama vendrá a salvarlo, Yukito Urabe participa en un ritual para convertirse en el nuevo líder del culto de su padre. Pero cuando el niño se ahoga durante el ritual, desea renacer en un mundo sin dioses ni religión.
Despertando en un mundo completamente diferente, desprovisto de espiritualidad, conoce a una chica peculiar llamada Aruaru, quien lo presenta a su aldea. Sin embargo, su imagen idílica de la sociedad de este mundo es efímera cuando presencia un suicidio grupal público y se entera del sistema de final de vida del país: en cualquier momento, el gobierno puede ordenar a cualquier ciudadano que muera.
Poco después, Aruaru y su hermana son llevadas a la fuerza para ser ejecutadas, lo que lleva a Yukito a correr a su rescate, pero sin éxito. En un momento de desesperación, Yukito recuerda las enseñanzas de su padre y pronuncia una oración para que Mitama los salve. Aparentemente respondiendo a su llamado, una niña pequeña desciende del cielo y aniquila a todos los que hicieron daño a Yukito y sus amigos. Para sorpresa de Yukito, la niña se presenta como Mitama.