Futakoi Alternative es una serie de anime que sigue la historia de Rentarou Futaba, un joven detective que regresa a su pueblo natal, donde se reencuentra con las gemelas Haruka y Yurika Kirishima, quienes son las hijas de un viejo amigo de su padre. Rentarou se instala en la posada de las gemelas y pronto se ve envuelto en una serie de extraños incidentes que parecen estar relacionados con la reaparición de un misterioso culto.
A medida que Rentarou investiga los casos, descubre que las gemelas Kirishima tienen habilidades especiales que les permiten combatir a los enemigos sobrenaturales que amenazan la ciudad. Pronto se une a un equipo de luchadores contra el mal, compuesto por jóvenes con habilidades únicas, incluyendo a las gemelas, una ninja, una piloto de aviones y un hacker.
A lo largo de la serie, Rentarou y sus compañeros enfrentan diversos desafíos y peligros, mientras intentan descubrir la verdad detrás del culto y proteger a la ciudad de sus malvados planes. Con una combinación de acción, comedia y drama, Futakoi Alternative ofrece una historia emocionante y llena de sorpresas que mantendrá a los espectadores en vilo hasta el final.