Pasa otro hermoso verano para Illyasviel von Einzbern. Tomando un descanso de sus deberes de chica mágica, disfruta de su tiempo libre después de recolectar las Class Cards con su mejor amiga Miyu Edelfelt.
Sin embargo, su descanso llega a un final abrupto cuando ella y Miyu son secuestradas por Rin Toosaka y Luviagelita Edelfelt, mientras están con sus amigos. Las chicas mágicas se enteran de que su trabajo está lejos de terminar, ya que Clock Tower les informa que el maná fuera de control que se pensaba que había sido sellado continúa dispersándose por toda la ciudad de Fuyuki. Después de dirigirse al punto de origen del maná fuera de control, Illya y Miyu tienen la tarea de resolver la anomalía.
¡Pero después de lanzar su hechizo, Illyasviel descubre que se ha dividido en dos personas! A medida que esta nueva y misteriosa forma sale disparada, ella solo puede preguntarse: ¿qué vendrá de la existencia de su dopplegänger, que se vuelve loca en la ciudad desprevenida?
