Chocotto Sister es un anime que sigue la historia de Haruma Kawagoe, un estudiante de secundaria que vive solo en un pequeño apartamento. Un día, su vida cambia repentinamente cuando encuentra una caja abandonada frente a su puerta. Al abrir la caja, Haruma se da cuenta de que contiene una niña pequeña llamada Choco.
Choco resulta ser un “androide de acompañamiento emocional”, diseñado para brindar compañía y apoyo emocional a las personas. Aunque al principio Haruma está confundido y sorprendido por la situación, decide cuidar de Choco y tratarla como a una hermana menor.
A medida que pasa el tiempo, Haruma y Choco comienzan a formar un vínculo especial. Choco muestra una personalidad llena de curiosidad y genuino interés en el mundo que la rodea. Haruma, por otro lado, aprende a ser responsable y comprensivo a través de su relación con Choco.
A medida que la historia avanza, se exploran temas como la importancia de la familia, la amistad y el crecimiento personal. Haruma se enfrenta a varios desafíos mientras intenta proteger y cuidar de Choco, y también busca encontrar respuestas sobre su propia identidad y propósito en la vida.
A lo largo de la serie, se presentan nuevos personajes que tienen un impacto en la vida de Haruma y Choco, como la amiga de Haruma, Yurika. La relación entre los personajes se desarrolla y evoluciona, y las situaciones cómicas y tiernas se entrelazan a lo largo de la trama.