Después de que un misterioso par ataca a Rukia Kuchiki y borra sus recuerdos mientras ella está en Seireitei, Ichigo Kurosaki, un Shinigami sustituto, olvida brevemente a Rukia, hasta que es recordado por Kon, un Mod-Soul de Underpod. Confundido, busca al dueño de la tienda de dulces de su pueblo, Kisuke Urahara, quien les abre el camino a Seireitei. Ichigo se sorprende al descubrir que sus aliados en Seireitei, los Shinigami de la Sociedad de Almas, lo han olvidado.
Lleno de acción, Kimi no Na wo Yobu sigue a Ichigo y Kon mientras luchan contra sus antiguos camaradas mientras buscan a la desaparecida Rukia y descubren a sus agresores antes de que vuelvan a atacar.