Absolute Duo es un anime de acción y romance que se desarrolla en un mundo donde los humanos tienen la capacidad de materializar sus almas en armas. La historia sigue a Tor Kokonoe, un estudiante de preparatoria que se une a la academia Koryo, una institución especial donde los estudiantes aprenden a utilizar sus habilidades especiales.
Sin embargo, a diferencia de los demás, Tor no puede materializar un arma convencional, sino que su alma toma la forma de un escudo. Esto lo convierte en un raro caso excepcional, pero también lo hace el blanco de burlas y discriminación por parte de sus compañeros.
A pesar de las dificultades, Tor se hace amigo de la enigmática Julie Sigtuna, una joven transferida que también tiene habilidades únicas. Juntos, se convierten en un dúo absoluto y se enfrentan a diferentes desafíos y batallas dentro de la academia, mientras exploran sus sentimientos mutuos y descubren secretos ocultos detrás del sistema de combate.
A medida que avanzan en su entrenamiento, Tor y Julie se involucran en tramas más complejas que involucran conspiraciones y amenazas hacia la academia. Con la ayuda de sus amigos y aliados, se enfrentarán a poderosos enemigos y lucharán por proteger a aquellos a quienes aman, mientras tratan de descubrir la verdad detrás de sus propias habilidades y el propósito de la academia Koryo.