La historia sigue a Karin Kobayashi, una estudiante de secundaria que encuentra un día un par de caramelos mágicos en su camino. Sin saberlo, estos caramelos están relacionados con una competición mágica para obtener un poder especial que puede conceder deseos. Karin descubre que al comer estos caramelos, involucra en un conflicto entre dos jóvenes magos que están compitiendo por obtener el poder de los caramelos.
Estos dos jóvenes magos son Kyouhei Maki y Ichii Kiriya, quienes son enviados por sus respectivas reinos mágicos para proteger a Karin y asegurarse de que los caramelos no caigan en manos equivocadas. A medida que Karin se ve envuelta en esta competición, empieza a desarrollar sentimientos por ambos chicos, y la situación se complica con la mezcla de magia, romance y enredos cómicos.
“Mamotte! Lollipop” combina la magia y el romance con situaciones humorísticas y personajes carismáticos, creando una trama ligera y entretenida que explora el crecimiento personal y los sentimientos románticos en un entorno mágico.