En Strike Witches 2, la historia retoma después de los eventos de la primera temporada. La amenaza de los Neuroi sigue latente, y la unidad Strike Witches debe enfrentar nuevos desafíos en su lucha para proteger el mundo. La trama se centra en la formación de un nuevo escuadrón y la incorporación de nuevas miembros, además de la continuación de las aventuras de las heroínas conocidas.
En esta temporada, la protagonista Yoshika Miyafuji y sus compañeras del escuadrón, que incluyen a Lynne Penny y Eila Ilmatar Juutilainen, deben enfrentarse a una serie de problemas y amenazas cada vez mayores. La unidad Strike Witches se encuentra con nuevas amenazas y enemigos que buscan causar más destrucción, y deben trabajar juntas para superar estas dificultades.
Además de las intensas batallas contra los Neuroi, la temporada explora más a fondo las relaciones personales y el desarrollo de los personajes, revelando más sobre sus pasados y motivaciones. Las heroínas deben aprender a trabajar en equipo y enfrentar tanto los desafíos externos como los conflictos internos, mientras luchan por mantener la esperanza y proteger a la humanidad de la extinción.
Strike Witches 2 mantiene el enfoque en la combinación de acción militar, magia y camaradería, ofreciendo una narrativa que mezcla emoción, desarrollo de personajes y combates épicos en un mundo alternativo lleno de aventuras.