La Misión de los 100 Años: una tarea tan desafiante y peligrosa que ha permanecido sin cumplirse durante más de un siglo. Aunque innumerables magos han intentado asumir este agotador objetivo, sus resultados han terminado en derrotas abrumadoras o algo peor. No obstante, Natsu Dragneel y sus amigos—Lucy Heartfilia, Gray Fullbuster, Erza Scarlet y Wendy Marvell, junto con los exceds Happy y Charlés—se embarcan ambiciosamente en la misión.
Un año después de que el gremio Fairy Tail haya superado las fuerzas diabólicas de Acnologia y Zeref, Natsu y su equipo se dirigen al continente norteño de Guiltina, donde buscan al empleador de la Misión de los 100 Años y reciben su misión casi imposible: sellar a los Cinco Dioses Dragón—un grupo de individuos con un poder tan vasto que, si se les deja en libertad, podría causar una devastación global. Mientras tanto, un nuevo miembro animado llamado Touka es reclutado para Fairy Tail. Aunque su energía vibrante y su naturaleza apasionada la hacen perfecta para el gremio, parece que hay más en ella de lo que aparenta.
Decididos a cumplir su aparentemente insuperable misión, Natsu y sus amigos comienzan su peligrosa búsqueda de los Dioses Dragón. Sin embargo, al encontrarse con un nuevo gremio oscuro llamado Diabolos, y con el nuevo recluta de Fairy Tail revelando su verdadera naturaleza, Natsu y su equipo descubrirán que la Misión de los 100 Años no es el único desafío que enfrentan.
