En un futuro cercano, un repentino e inexplicado aumento del nivel del mar ha dejado gran parte de la civilización humana bajo el agua. Ikaruga Natsuki, un joven que perdió a su madre y una pierna en un accidente años atrás, regresa desilusionado de una dura vida en la gran ciudad para encontrar su antigua casa en el campo medio engullida por el mar. Sin familia, todo lo que tiene es el barco y el submarino que le dejó su abuela oceanógrafa, junto con sus deudas.
Su única esperanza de recuperar los sueños para el futuro que ha perdido es aprovechar una oportunidad que le ofrece la sospechosa cobradora de deudas Catherine. Zarpan para buscar las ruinas sumergidas del laboratorio de su abuela con el fin de encontrar un tesoro que, según los rumores, ella dejó allí. Pero lo que encuentran no son riquezas ni joyas; es una extraña chica dormida en un ataúd en el fondo del mar. Atri.
Atri es un robot, pero su apariencia y su rica gama de emociones engañarían a cualquiera para pensar que es un ser humano vivo y respirante. En agradecimiento por ser rescatada, le hace una declaración a Natsuki: “Quiero cumplir la última orden de mi maestro. Hasta que lo haga, ¡seré tu pierna!”
En un pequeño pueblo que lentamente está siendo envuelto por el océano, un verano inolvidable está a punto de comenzar para este chico y esta misteriosa chica robot…
